一、编辑加工重心后置导致的流程问题。
有些书稿委托经验不足的外编进行编辑加工，三校时责任编辑才开始正式接手，对三校样进行大刀阔斧的修改，甚至此时才最后定稿，补全所有的序言、图片、数据等重要内容。从责任编辑视角来看，相对于加工原稿来说，外编还是解决了一些简单问题或者格式体例问题，编辑可以将注意力相对集中在内容的加工上。
但是编辑忽略了与之配合的排版和校对的工作流程中已经过半，重新加工后的稿件只剩最后一个校次甚至是一次核红，对于排版和校对来讲，对编辑三校加工中的疏漏甚至笔误的校是非功能也会因精力在校异同上的消耗而大打折扣。这种稿件付印的质量风险很高。
二、三个校次面对不同对象，背离“三校”原则初衷。
有些书稿编辑在原稿加工和校样处理时都要做较多不同的改动，每一次校样到手都觉得不改不快，当然原因可能是自己周期紧，每个校次都加工一部分内容，也可能是外编加工不称心或者作者没定稿重新改，等等。
在流程上，一校时对照原稿进行一次校对；二校时由于一校样改动超过或者相当于原稿，则抛开原稿，对照一校样进行校对；三校时又因为二校样上做了大量更改，需要抛开一校样，对照二校样进行校对。这样一来，每个校次都相当于“一校”，三个“一校”叠加不等于“三校”流程。按照质量管理要求，一校消灭85%排版错即为合格，而正常三校后质量要求是消灭全部排版差错。如果一校中遗漏了排版错误未校出，后续校次因流程应用的不规范都在对照错误的内容较异同，校对工作对质量的把关作用难以发挥。
坚持图书出版的“三校”制度，应该是对同一主体——原稿——校对三遍，通过多次交叉校对消灭因排版引起的异同差错，以及编辑加工疏漏遗留的是非差错，三个校次不断提高灭错率，最终达到消灭100%异同错，并辅助编辑实现全书万分之一以内差错的质量目标。编校工作都不能毕其功于一役，不能指望在最后一个校次全面实现加工、排版、校对的完美配合，直接达到合格的质量目标。如果真能做到，那么在原稿阶段不就可以直通车到达出版终点了吗？
三、编校合一的工作模式，不能发挥校对视角对编校质量的补充和检查作用。
有些书稿编辑和校对均由一人完成，在流程上必然经过精简合并，但一人承担全部编校工作容易灯下黑，形成视觉盲区，可能导致差错处一错到底，不能发挥校对后端交叉校验的查漏补缺作用；且编辑与校对有各自的工作视角，编辑更专注于篇章结构、内容表达的加工润色，校对对出版规范性、前后一致性等内容体例问题更敏感，相互配合补充校验，共同保障出版质量。